立法院司法及法制委員會於前（一百零二）年十一月間為審查法律案，向最高法院檢察署調閱偵查卷證，包含通訊監察聲請書、筆錄、監聽譯文、公文等文書影本及監聽光碟片。最高檢察署認依釋字第３２５號及第５８５號解釋的意旨，檢察官對外獨立行使職權，應受憲法保障，偵查卷證為犯罪偵查不公開事項，非立法院可調閱的範圍，縱偵查終結，若檢察官有違法、不當情事，也應由監察院調查，而拒予提供。所以委員會便函送監察院調查，最高檢察署就主張雙方職權發生適憲爭議，而報請法務部層轉行政院聲請釋憲。
釋字第７２９號解釋認為，檢察機關代表國家進行犯罪的偵查與追訴，基於權力分立與制衡原則，且為保障檢察機關獨立行使職權，對於偵查中的案件，立法院自不得向其調閱相關卷證。立法院向檢察機關調閱已偵查終結而不起訴處分確定或未經起訴而以其他方式結案的案件卷證，則必須基於目的與範圍均屬明確的特定議案，並與其行使職權有重大關聯，而且並非屬法律所禁止為限。如因調閱而有妨害另案偵查之虞，檢察機關可延至該另案偵查終結後，再行提供調閱的卷證資料。其調閱偵查卷證的文件原本或與原本內容相同的影本者，應經立法院院會決議；要求提供參考資料者，由院會或其委員會決議來辦理。
大法官表示，因調閱卷證而知悉的資訊，其使用應限於行使職權所必要，並注意維護關係人名譽、隱私、營業秘密等權益，至於釋字第３２５號解釋則應予補充。參照立法院職權行使法第４５條第１項規定，立法院經院會決議，得設調閱委員會，或經委員會之決議，得設調閱專案小組，要求有關機關就特定議案涉及事項提供參考資料。同條第２項規定，調閱委員會或調閱專案小組於必要時，得經院會之決議，向有關機關調閱前項議案涉及事項之文件原本。此外，大法官也指出，立法院行使文件調閱權如與受調閱機關發生爭議，機關間宜循協商途徑合理解決，或以法律明定相關要件與程序，由司法機關審理解決，相關機關也應儘速建立解決機關爭議的法律機制。
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